A Faculdade de Medicina tem as suas origens na Real Escola de Cirurgia, criada no Hospital de São José, em 1825, tomando a designação de Escola Médico-Cirúrgica de Lisboa em1836 e, finalmente, em 1911, a de Faculdade de Medicina de Lisboa. O seu primeiro regulamento data de 1930. Entre 1953 e 1956, a Faculdade foi transferida para o edifício do Hospital de Santa Maria, ficando a parte assistencial sob a tutela do Ministério da Saúde.

As funções actuais da Faculdade de Medicina, como parte integrante da Universidade de Lisboa, são o ensino das ciências médicas a nível pré-graduado (curso de licenciatura em Medicina); o ensino das ciências médicas a nível pós-graduado, envolvendo diversas especialidades; a investigação científica na área das Ciências Biomédicas e Médicas; a prestação de serviços à comunidade, mediante as actividades realizadas pelos laboratórios dos institutos básicos e pré-clínicos e pelas clínicas universitárias.